Wääksyn Kartano oli 1500-luvun alusta Wäxjöstä kotoisin olevan Westgöta-suvun rälssitilana ja siitä juontaa kartanon nimi Wääksy (Wexiö). Jouduttuaan kuninkaan epäsuosioon 1555 suvun täytyi luovuttaa kartano kruunulle ja siten siitä tuli kuninkaan kartano.
Ruotsi-Suomen valtakunnan politiikan parrasvaloihin kartano tuli, kun Juhana-herttua naituaan Katarina Jagellonican Puolasta lahjoitti sen vihkimättömälle vaimolleen Kaarina Hannuntyttärelle vuonna 1561. Kaarinalla ja Juhanalla oli neljä yhteistä lasta. Nuorin lapsista, Sofia, meni naimisiin sotapäällikkö Pontus de la Gardien kanssa. Sofia kuoli Tallinnassa synnyttäessään poikaansa Jakobia 1583. Pontus hukkui Narvan jokeen pari vuotta myöhemmin. Jakob de la Gardie lähetettiin Wääksyyn isoäitinsä hoiviin. Hänestä tuli niin ikään kuuluisa sotapäällikkö, Laiska-Jaakko – yksi harvoista läntisistä kenraaleista, joka onnistui valtaamaan Moskovan.

1604 koettiin Wääksyssä monien tutkijoiden mielestä Euroopan suurin luonnonmullistus. Vääksyn joen virtasuunta muuttui ja vieressä ollut Sarsan uoma kuivui. Tämä johtui jääkauden jälkeisestä maan noususta, joka puhkaisi Iharinkosken. Längelmävesi virtasi nyt Iharin eikä Vääksyn Sarsan kautta Roineeseen.
Kartanossa oli useita myllyjä sekä konepajateollisuutta 1800-luvulla. Tämän mahdollisti tilan halki Vesijärvestä Längelmäveteen virtaava Vääksyn joki.
1900-luvulle tultaessa tila rappioitui ja omistajat olivat eri puolilla Eurooppaa. Vuonna 1917 kartanon osti Antti Ahlströmin nuorin poika Birger, joka oli koulutukseltaan agronomi ja erittäin innokas maanviljelijä. Hänen aikanaan rakennettiin suurin osa nykyisistä tuotanto- ja asuinrakennuksista, silloin myös kasvihuonetuotanto sai alkunsa Wääksyssä.
Harriet Leskinen ja hänen miehensä Jukka-Pekka Leskinen ottivat tilan hoitoonsa 1986 ja samana vuonna aloitettiin ruukkuvihannestuotanto. Sonja Danielsson (os. Leskinen) on siirtynyt kartanon omistajaksi miehensä Henrik Danielssonin kanssa.
Wääksyn Kartanon kasvihuoneliiketoiminta myytiin Wääksyn Puutarha Oy:lle 28.6.2014. Ruukkuvihannesten viljely jatkuu uuden yrityksen voimin entisissä Wääksyn Kartanon kasvihuoneissa osana yritysrypästä joka omistajina ovat Risto Mustakoski ja Petri Harri.
Pontus oli ranskalainen palkkasoturi, joka yleni upseeriksi tanskalaisten palveluksessa. Hän jäi vangiksi seitsemän vuoden sodassa ruotsalaisia vastaan vuonna 1565. Ajan tavan mukaan hänelle tarjottiin tehtävää Ruotsin armeijassa ja hän ottikin sen mielellään. Kun Kustaa Vaasan (Gustav Vasa) pojat, Erik IV ja Juhana-herttua ajautuivat riitoihin, Pontus asettui Juhanin puolelle ja nousi tulevan kuninkaan Juhan III:n suosioon.
Pontus valloitti Ruotsi-Suomelle Karjalan ja Inkerinmaan. Narvan taistelussa hän osoitti erinomaista neuvokkuutta ja tiettävästi ensimmäistä kertaa maailmassa hän valloitti linnoituksen käyttämällä katettuja käytäviä hyväkseen. Kuningas Juhana III oli sotapäällikköönsä erittäin tyytyväinen ja teki hänestä Viron ja Inkerinmaan käskynhaltijan.
Johan myös naitti tyttärensä Sofian (Gyllenhielm) sotapäällikölleen. Sofia oli Wääksyn valtiattaren Kaarina Hannuntyttären ja Juhanin avioton lapsi heidän pitkäaikaisesta ’avoliitostaan’. Sofia oli vihittäessä 23 vuotta ja Pontus 60. Näin Pontuksesta tuli myös Wääksyn isäntä ja siksi osoitteemme on Pontuksentie 12. He saivat kolme lasta hyvin nopeassa tahdissa mutta, Sofia kuoli nuorimmaisen synnytykseen 1583 Tallinnassa. Tämä nuorimmainen oli Jakob eli Laiska-Jaakko, joka myös vahvasti on vaikuttanut Wääksyn ja koko Pohjolan historiaan.
Kaksi vuotta myöhemmin Pontus ja 15 muuta sotilasta hukkuivat Narvan jokeen. Pontus haudattiin Tallinnan tuomiokirkon alttarin oikealle puolelle rakkaan Sofiansa viereen. Nuo haudat ovat siellä vieläkin ja Tallinnan Viru kadulla oleva de la Gardie -ostoskeskus niin ikään muistuttaa Wääksyn ja Viron yhteisestä historiasta. Jakob lähetettiin isänsä kuoleman jälkeen Wääksyyn isoäitinsä Kaarina Hannuntyttären hoiviin. Siksipä meillä on myös Laiska-Jaakontie kartanolla.

Pikku-Jakob oli menettänyt molemmat vanhempansa, ja hänet lähetettiin Wääksyn Kartanoon isoäitinsä Kaarina Hannuntyttären luo kasvatettavaksi. Punapää-Jaakosta, kuten häntä täällä kutsuttiin, kehittyikin erinomainen sotapäällikkö, vielä suurempi kuin isänsä Pontus oli ollut. Hänen sotilaansa pitivät häntä noitana, johon vihollisen luodit ja aseet eivät pystyneet. Itse asiassa hän oli vain erittäin nokkela ja kekseliäs sotapäällikkö.
Tarinan mukaan Ruotsi-Suomen joukot piirittivät Novgorodia, ja piirittäjiltä alkoivat ammukset loppua. Jaakko järjesti linnavallin taakse satoja kanoja, joille syötettiin jyviä tyhjien ruutitynnyreiden päällä. Samanaikaisesti musketöörit pantiin teeskentelemään ampumista kaupungin muureja kohti. Venäläiset pelästyivät, että Jaakko oli saanut uusia nopeasti ladattavia kiväärejä, joille ei kukaan mitään voinut ja päättivät antautua.
Jaakon joukot miehittivät Novgorodia kuusi pitkästyttävää vuotta. Tuolloin he alkoivat kutsua häntä Laiska-Jaakoksi. ’Lähti suvi, lähti talvi, vaan ei lähde Laiska-Jaakko!
